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事業所台帳＞全ての処理ファイル＞雇用・労働保険＞年度更新＞個別＞集計と進み、
メリット料率はないので、「労災保険料率」を削除しました。
すると、労働保険申告の計算で、料率も保険料も反映されなくなってしまいました。

回答

事業所台帳＞全ての処理ファイル＞雇用・労働保険＞年度更新＞個別＞集計において、
料率に変更がない場合は、編集せずにそのままの値で「読込」をして下さい。
「削除」し空欄にしてしまうと、上記の現象となります。